Informatie opleidingsonderdeel

Cladisme: theorie en praktijk (1577)
Contactpersoon:	Prof. dr. Marlies MONNENS


Coördinerend verantwoordelijke:	Prof. dr. Marlies MONNENS

Co-titularis:	Prof. dr. Tom ARTOIS

Onderwijstaal: Nederlands


Examencontract: niet mogelijk

Volgtijdelijkheid

Verplichte volgtijdelijkheid op niveau van de opleidingsonderdelen


Volgende opleidingsonderdelen dient u ook opgenomen te hebben in uw studieprogramma in een voorgaande onderwijsperiode.
	Genetica, evolutie en de Tree of Life (2921)	7.0 stptn

Adviserende volgtijdelijkheid op niveau van de opleidingsonderdelen


Volgende opleidingsonderdelen worden geadviseerd ook opgenomen te zijn in uw studieprogramma tot op heden.
	Statistisch modelleren (3457)	4.0 stptn

There is no data for this choice.
Change the language, year or choose another item in the dropdown list if it is available.

There is no data for this choice.
Change the language, year or choose another item in the dropdown list if it is available.

Studierichting

Studiebelastingsuren

Studiepunten

P2 SBU

P2 SP

2^de Examenkans¹

Tolerantie²

Eindcijfer³

3de bachelorjaar in de biologie pakket keuzeopleidingsonderdelen biologie

Keuze

135

5,0

135

5,0

Numeriek

Eindcompetenties

EC	EC 1: De bachelor Biologie heeft een grondige kennis en inzicht verworven in de levende wereld op moleculair, cellulair , functioneel, organismaal, populatie en ecosysteemniveau.
EC	EC 2: De bachelor Biologie heeft inzicht in de processen die de grondslag vormen van de evolutie van het leven. Hij/zij kan nieuwe kennis verzameld op de verschillende biologische niveaus integreren in de evolutietheorie.
EC	EC 4: De bachelor Biologie kan mathematische en/of statistische begrippen en modellen correct inzetten voor het benaderen, oplossen en analyseren van eenvoudige biologische problemen en gegevensverzamelingen om tot een gefundeerde conclusie te komen.
EC	EC 6: De bachelor Biologie kan onder begeleiding een beperkt onderzoek concipiëren: hij/zij is in staat een biologisch(e) probleem en hypothese te formuleren en een onderzoeksplan op te stellen en uit te voeren. Hiertoe kan hij/zij wetenschappelijke bronnen, inclusief anderstalige, raadplegen en gebruiken.
EC	EC 7: De bachelor Biologie kan onder begeleiding onderzoeksmethodes en interpretaties kritisch evalueren en de intrinsieke onzekerheden en beperkingen plaatsen.
EC	EC 8: De bachelor Biologie kan mondeling en schriftelijk rapporteren en presenteren in het Nederlands en het Engels. Hij/zij kan communiceren over het vakgebied met vakgenoten en niet-vakgenoten.
EC	EC 9: De bachelor Biologie is in staat de eigen leerprocessen te plannen, te bewaken, te sturen, te evalueren en zo nodig bij te sturen (zelf management).

EC = eindcompetenties DC = deelcompetenties BC = beoordelingscriteria

Begincompetenties

De student(e) is vertrouwd met de basisbegrippen van evolutionaire systematiek en nomenclatuur (taxon, cladogram, classificatie, fenetiek).
De student(e) heeft kennis van basisbegrippen van evolutiebiologie (monofylie, parafylie, polyfylie, cladogram) en kenmerkevolutie (primaire homologie, homoplasie, autapomorfie, synapomorfie, plesiomorfie).
De student(e) kent de basisprincipes van parsimonie en distance-analyses.
De student(e) kan de principes in 1., 2. en 3. toepassen in praktijk, incl. het coderen van kenmerken, het opstellen van een datamatrix en het uitvoeren van parsimonieanalyses en distance-gebaseerde (UPGMA)-methoden.
De student is in staat om Engelstalige wetenschappelijke teksten te lezen en te begrijpen.

Inhoud

De student(e) maakt kennis met de theoretische achtergrond van verschillende aspecten van een fylogenetische analyse en leert deze toepassen aan de hand van diverse moderne softwarepaketten.
De student(e) kan de verschillende manieren om morfologische kenmerken te coderen toepassen, bespreken en evalueren.
De student(e) heeft inzicht in hoe moleculaire data gecodeerd worden.
De student(e) heeft inzicht in het gebruik van verschillende moleculaire merkers in fylogenetische analyses en weet de waarde van elk te evalueren en te bespreken.
De student(e) weet hoe sequentiedata verkregen worden. Hij/zij kan de belangrijkste aspecten in verband met het aligneren van sequenties grondig toelichten en kan dit op een correcte manier op sequenties toepassen.
De student(e) kan de drie belangrijke fylogenetische analysemethoden grondig toelichten en kan die in praktijk toepassen: maximum parsimonie, maximum likelihood en Bayesiaanse analyses. Hij/zij kan de drie methodologieën bespreken en tegen elkaar afwegen.
De student(e) kent de problematiek van grote datasets en long-branch attractio.
De student(e) kan model-gebaseerde analyses en heuristiek toepassen en bespreken, inclusief specifieke algoritmen zoals stepwise addition, branch-swapping, parsimony ratchet, tree-fusing, tree-drifting en sectorial searches.
De student(e) kan een cladogram ""rooten"" en kan de verschillende rootingmethoden evalueren en toepassen.
De student(e) kent de verschillende manieren om een consensuscladogram te berekenen en kan die toepassen.
De student(e) kent de verschillende principes om de statistische ondersteuning van bekomen clades te berekenen en kan die toepassen en bespreken (Bremer support, bootstrap, jackknife, posterior probabilities).
De student(e) kan het begrip ""character fit"" toelichten, met inbegrip van de verschillende parameters die deze fit beschrijven. Hij/zij kan deze parameters eveneens berekenen.
De student(e) kan de verschillende manieren waarop kenmerken kunnen gewogen worden toelichten en toepassen.
De student(e) kan de begrippen ""simultane analyse"", ""gepartitioneerde analyses"" en ""concateneren"" van verschillende datasets beschrijven, evalueren en in praktijk toepassen.
De student(e) kent de principes van multi-markeranalyses en phylogenomics en kent de uitdagingen en mogelijkheden die dit veld met zich meebrengt.
De student(e) is vertrouwd met de concepten van super trees, super matrices en species trees en kan de verschillende principes om dit te berekenen uitleggen en tegen elkaar afwegen.
De student(e) kan het begrip 'reproduceerbaarheid' binnen fylogenetica bediscussiëren."

Organisatie- / Werkvormen

Organisatievormen
	Hoorcollege ✔
	Responsiecollege ✔
	Werkzittingen ✔
	Zelfstudieopdracht (ZSO) ✔

Evaluatie

Semester 2 (5,00sp)

Evaluatievorm

Mondeling examen

100 %

Open vragen

✔

Andere:

Mondelinge test, gebaseerd op het verslag van de analyse van de reeële dataset. Hierbij wordt gepeild naar zowel de theoretische kennis van de student(e), als naar de praktische toepassing ervan.

Evaluatievoorwaarden (deelname en/of slagen)

✔

Voorwaarden

Studenten dienen een week voor het examen een werkstuk door te sturen. Dit wordt vervolgens meegebracht naar het examen, waar ze dit mondeling toelichten en er gevraagd wordt terug te koppelen naar de theorie.

Gevolg

Zonder werkstuk kunnen studenten niet slagen voor hun examen.

Tweede examenkans

Evaluatievorm tweede examenkans verschillend van eerste examenkans

Neen

Toelichting evaluatievorm

Verplicht studiemateriaal

Reader met een bundeling van artikels en relevante hoofdstukken uit verschillende boeken en met de verschillende opdrachten voor de werkzittingen.

¹ Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 12.2, lid 2.

² Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 16.9, lid 2.

³ Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 15.1, lid 3.

Legende
SBU : studiebelastingsuren	SP : studiepunten	N : Nederlands	E : Engels

Cladisme: theorie en praktijk (1577)