De elektronische studiegids voor het academiejaar 2025 - 2026 is onder voorbehoud.





Bio-informatica (3740)

  
Coördinerend verantwoordelijke :Prof. dr. ir. Liesbet PEETERS 
  
Co-titularis :dr. ir. Axel FAES 
 Prof. dr. Pieter-Jan VOLDERS 
  
Lid van het onderwijsteam :De heer Alessio CARDILLI 
 dr. Annelies VANHEEL 
 Prof. dr. Dirk VALKENBORG 
 Prof. dr. Ibrahim HAMAD 
 Prof. dr. Kris JANSSENS 
 dr. Lotte GEYS 
 dr. Nele CLAES 


Onderwijstaal : Nederlands


Studiepunten: 5,0
  
Periode: kwartiel 2 (5sp)
  
2de Examenkans1: Ja
  
Eindcijfer2: Numeriek
 
Examencontract: niet mogelijk


 
Volgtijdelijkheid
 
   Verplichte volgtijdelijkheid op niveau van de opleidingsonderdelen
 
 
  Voor volgende opleidingsonderdelen dient u een creditbewijs, vrijstelling, reeds getolereerde onvoldoende of ingezette tolereerbare onvoldoende behaald te hebben.
    Biofysica (3609) 4.0 stptn
    Biomoleculen (3606) 7.0 stptn
    Celbiologie (3408) 8.0 stptn
    Celfysiologie (5451) 10.0 stptn
    Chemische homeostase (3415) 4.0 stptn
    Functionele anatomie (3607) 4.0 stptn
    Functionele histologie (5468) 6.0 stptn
    Genetica en genomica (3410) 10.0 stptn
    Vaardigheidsonderwijs (3416) 3.0 stptn
 
  Volgende opleidingsonderdelen dient u ook opgenomen te hebben in uw studieprogramma in een voorgaande onderwijsperiode.
    Moleculaire genetica en epigenetica (3617) 3.0 stptn
    Statistiek in genetica (3411) 4.0 stptn
 

Begincompetenties

Moleculaire genetica en epigenetica

Binnen het opleidingsonderdeel Bio-informatica wordt er voortgebouwd op de kennis uit Moleculaire genetica en epigenetica.

  • De student kan de volgende begrippen beschrijven, toelichten en begrijpen in een bredere context: DNA en proteïne opbouw, genregulatie, epigenetische mechanismen en NGS technologie;

  • De student kan genstructuur en de verschillende stappen in de genexpressie onderscheiden en beschrijven;

  • De student kan aan de slag met de volgende online tools: sequenties, annotaties, sequentie formats (bv FASTA) en opzoekwerk te verrichten via Pubmed, Mesh termen, BLAST.



Inhoud

De student

  • zijn bewustwording en zelfredzaamheid omtrent bioinformatica en toepassingen verhogen.

  • kent de huidige samenwerkingsverbanden tussen de databanken GenBank, Entrez, BLAST, OMIM, CDD, Gene en Structure.

  • heeft kennis van diverse formaten (GenBank, fasta en RAW) en begrip van annotaties.

  • leert de basis van (multiple) sequentie-alignering te gebruiken en de biologische relevantie ervan te interpreteren.

  • neemt kennis van diverse online analyseprogramma’s die hem toelaten sequenties te analyseren en kan dit toepassen aan de hand van specifieke zoekopdrachten.

  • kan gebruik maken van de geïntegreerde databank-bevragingssystemen aan de hand van zoekopdrachten.

  • kent het begrip van een patroon, een profiel, een domein in een eiwit

  • kent de concepten die belangrijk zijn bij het design van sequentie-specifieke PCR-primers en kan dit toepassen bij specifieke opdrachten.

  • kan de aangebrachte bio databases, zoekmachines en tools gecombineerd toepassen aan de hand van typische onderzoeksvraagstellingen voor eiwit- en nucleïnezuuranalyses.

  • Heeft begrip in de hiërarchie van biologische data en kan ontologieën, biologische paden en netwerken identificeren.

  • Heeft begrip in recente ontwikkelingen in het gebruik van innovatieve bio-informatica tools

  • Kan werken in een team en zich houden aan vooropgelegde afspraken en planningen

  • Kan feedback geven op het groepsproces en sterktes en verbeterpunten identificeren



Organisatie- / Werkvormen
Organisatievormen  
Hoorcollege  
Project  
Responsiecollege  
Werkzittingen  
Zelfstudieopdracht (ZSO)  


Evaluatie

Periode 2    Studiepunten 5,00

Evaluatievorm
Schriftelijke evaluatie tijdens onderwijsperiode35 %
Behoud van deelcijfer in academiejaar
Verslag
Praktijkevaluatie tijdens onderwijsperiode15 %
Behoud van deelcijfer in academiejaar
Schriftelijk examen35 %
Behoud van deelcijfer in academiejaar
Open vragen
Mondeling examen15 %
Behoud van deelcijfer in academiejaar
Presentatie
Evaluatievoorwaarden (deelname en/of slagen)
VoorwaardenVoor schriftelijk examen en groepswerk wordt er verwacht op ieder onderdeel een tolereerbaar cijfer te behalen (8/20). Van elke student wordt er voldoende individuele inbreng verwacht. Dit wordt geëvalueerd aan de hand van een buddycheck.
GevolgWie groepswerk niet indient, krijgt als eindresultaat een N-ongewettigde afwezigheid. Een student die op een (of meerdere) onderdelen van de evaluatie een lager cijfer dan 8/20 behaalt, krijgt als eindresultaat in zijn studentendossier F(fail). Dit eindcijfer is niet-tolereerbaar. Een student die voor alle onderdelen van de evaluatie minstens een 8/20 scoort, wordt een gewogen gemiddelde van de punten gemaakt. Dit eindcijfer is tolereerbaar. Bv. 8/20 + 16/20 = 12/20 (geslaagd) Een student bij wie de bijdrage van het groepswerk mogelijk beduidend kleiner is dan bij de rest van de groepsleden, zal het stappenproces inzake meeliftgedrag doorlopen zoals beschreven op Blackboard. Gedurende de looptijd van deze procedure krijgt de student tijdelijk een X score (geen examencijfer beschikbaar) voor het OPO. Indien meeliftgedrag wordt vastgesteld, zal de student in de eerste examenperiode een F (fail) krijgen als eindbeoordeling en moet een vervangopdracht uitgevoerd worden in de tweede examenperiode. De resultaten van de andere evaluatie-onderdelen kunnen worden behouden in tweede zittijd indien de student hierop reeds een slaagcijfer of tolereerbare voldoende behaalde.
Extra info

Bij het groepswerk wordt voldoende inbreng van elke student verwacht. De peer-evaluatie gebeurt via het Buddycheck programma op Blackboard. De factor die door dit programma wordt berekend, wordt vermenigvuldigd met de score van het groepswerk voor iedere student. De berekeningswijze en het verloop van de peer-evaluatie wordt verder uiteengezet op Blackboard. Is er sprake van een mogelijk beduidend kleinere bijdrage, dan zal het stappenproces inzake meeliftgedrag opgestart worden.


Tweede examenkans

Evaluatievorm tweede examenkans verschillend van eerste examenkans
Neen
 

Verplicht studiemateriaal
 

Opdrachten en casusmateriaal wordt op BB beschikbaar gesteld.

Reader en Tutorials en online informatie via BB.



Eindcompetenties
bachelor in de biomedische wetenschappen
  •  EC 
  • EC 04. De bachelor in de biomedische wetenschappen heeft inzicht in de mechanismen van de pathologie op het niveau van molecule tot organisme met het oog op diagnose en therapie. [Leerlijn 4:Kennis in pathologie toepassen op basiskennis levenswetenschappen]
  •  EC 
  • EC 06. De bachelor in de biomedische wetenschappen heeft kennis van veelgebruikte experimentele modellen gangbaar in het biomedisch onderzoek en kan een aantal daarvan onder begeleiding toepassen. [Leerlijn 5: Wetenschappelijk denken en handelen (Praktische onderzoeksvaardigheden en dataverwerking)]
  •  EC 
  • EC 07. De bachelor in de biomedische wetenschappen kan onderzoeksgegevens analyseren en interpreteren. [Leerlijn 5: Wetenschappelijk denken en handelen (Praktische onderzoeksvaardigheden en dataverwerking)]
  •  EC 
  • EC 08. De bachelor in de biomedische wetenschappen kan literatuuronderzoek uitvoeren en op basis hiervan een aanzet geven tot verder onderzoek, eigen meetresultaten kritisch vergelijken met resultaten van anderen en een remediëring van een eenvoudig experimentele proefopzet voorstellen. [Leerlijn 5: Wetenschappelijk denken en handelen (Praktische onderzoeksvaardigheden en dataverwerking)]
  •  EC 
  • EC 12. De bachelor in de biomedische wetenschappen is in staat om de eigen leerprocessen te plannen, te evalueren en te sturen (zelf reflectie). [Leerlijn 9: Zelfsturend handelen en leren (zelfreflectie en kwaliteitscontrole)]
 

  EC = eindcompetenties      DC = deelcompetenties      BC = beoordelingscriteria  
Aangeboden inTolerantie3
3de bachelorjaar in de biomedische wetenschappen J
schakelprogramma master biomedische wetenschappen J



1   Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 12.2, lid 2.
2   Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 15.1, lid 3.
3   Onderwijs-, examen- en rechtspositieregeling art. 16.9, lid 2.