| Onderwijstaal : Nederlands |
| Examencontract: niet mogelijk |
|
Volgtijdelijkheid
|
| |
|
Geen volgtijdelijkheid
|
| Studierichting | | Studiebelastingsuren | Studiepunten | P2 SBU | P2 SP | 2de Examenkans1 | Tolerantie2 | Eindcijfer3 | |
 | 3de bachelorjaar in de biologie pakket keuzeopleidingsonderdelen biologie | Keuze | 108 | 4,0 | 108 | 4,0 | Ja | Ja | Numeriek |  |
|
| | | Eindcompetenties |
- EC
| EC 1: De bachelor Biologie heeft een grondige kennis en inzicht verworven in de levende wereld op moleculair, cellulair , functioneel, organismaal, populatie en ecosysteemniveau. | - EC
| EC 2: De bachelor Biologie heeft inzicht in de processen die de grondslag vormen van de evolutie van het leven. Hij/zij kan nieuwe kennis verzameld op de verschillende biologische niveaus integreren in de evolutietheorie. | - EC
| EC 4: De bachelor Biologie kan mathematische en/of statistische begrippen en modellen correct inzetten voor het benaderen, oplossen en analyseren van eenvoudige biologische problemen en gegevensverzamelingen om tot een gefundeerde conclusie te komen. | - EC
| EC 5: De bachelor Biologie kan met inzicht metingen verrichten en observeren waarbij hij/zij de hoogst mogelijke precisie nastreeft en integer handelt in zijn/haar observaties en metingen. | - EC
| EC 6: De bachelor Biologie kan onder begeleiding een beperkt onderzoek concipiëren: hij/zij is in staat een biologisch(e) probleem en hypothese te formuleren en een onderzoeksplan op te stellen en uit te voeren. Hiertoe kan hij/zij wetenschappelijke bronnen, inclusief anderstalige, raadplegen en gebruiken. | - EC
|
EC 7: De bachelor Biologie kan onder begeleiding onderzoeksmethodes en interpretaties kritisch evalueren en de intrinsieke onzekerheden en beperkingen plaatsen.
| - EC
| EC 8: De bachelor Biologie kan mondeling en schriftelijk rapporteren en presenteren in het Nederlands en het Engels. Hij/zij kan communiceren over het vakgebied met vakgenoten en niet-vakgenoten. | - EC
| EC 9: De bachelor Biologie is in staat de eigen leerprocessen te plannen, te bewaken, te sturen, te evalueren en zo nodig bij te sturen (zelf management). |
|
| | EC = eindcompetenties DC = deelcompetenties BC = beoordelingscriteria |
|
|
In dit opleidingsonderdeel leert de student(e) via de praktijk de verschillende facetten van een fylogenetisch-cladistische analyse kennen. De theoretische achtergronden worden eveneens uitgediept en de student(e) leert met verschillende moderne softwarepaketten werken (PAUP*, TNT, MacClade, Clustal, ... ). Volgende topics komen aan bod:
-
Kenmerken en kenmerkcodering. De student(e) kan de verschillende manieren om morfologische kenmerken te coderen toepassen, bespreken en evalueren.
-
Opbouwen van een moleculaire dataset. De student(e) verwerft inzicht in het gebruik van verschillende moleculaire merkers in fylogenetische analyses, en weet de waarde van elk te evalueren en te bespreken. Hij/zij heeft notie van hoe een DNA-extractie en -sequenering in praktijk gebeurt. Hij/zij kan de belangrijkste aspecten in verband met het aligneren van sequenties grondig toelichten en kan dit op een correcte manier op sequenties toepassen.
-
Analyse van de dataset. De student(e) kan de drie belangrijke fylogenetische analysemethoden grondig toelichten en kan die in praktijk toepassen: maximum parsimonie, maximum likelihood en Bayesian inference. Hij/zij kan de drie methodologieën bespreken en de (vermeende) voor- en nadelen van elk tegen elkaar afwegen. Hierbij zal (voor wat betreft parsimonie) dieper ingegaan worden op de problematiek van grote datasets, waar de verschillende heuristische tree-searching methodes in extenso woren besproken en toegepast (stepwise addition, branch-swapping, parsimony ratchet, tree-fusing, tree-drifting, sectorial searches...).
-
De student(e) kan een cladogram "rooten" en kan de verschillende rooting methoden evalueren en toepassen.
-
De student(e) kan het begrip optimisatie toelichten en kan de verschillende optimisatiemethoden evalueren. Hij/zij kan eveneens de begrippen "accelerated transformation" (ACCTRAN) en "delayed transformation" (DELTRAN) toelichten.
-
De student(e) kent de verschillende manieren om een consensus cladogram te berekenen en kan die toepassen.
-
De student(e) kent de verschillende parameters om de mate van ondersteuning van de bekomen clades in te schatten en kan die toepassen en bespreken (Bremer support, bootstrap, jackknife,...)
-
De student(e) kan het begrip "character fit" toelichten, met inbegrip van de verschillende parameters die deze fit beschrijven. Hij/zij kan deze parameters eveneens berekenen.
-
De student(e) kan de verschillende manieren waarop kenmerken kunnen gewogen worden grondig toelichten en kan ze toepassen.
-
De student(e) kan de begrippen "simultane analyse" en "gepartitioneerde analyses" van verschillende datasets beschrijven.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Hoorcollege ✔
|
|
|
|
Practicum ✔
|
|
|
|
Responsiecollege ✔
|
|
|
|
Zelfstudieopdracht (ZSO) ✔
|
|
|
|
Periode 2 Studiepunten 4,00
| Evaluatievorm | |
|
| Mondeling examen | 100 % |
|
| Andere: | Mondelinge test, gebaseerd op het verslag van de analyse van de reeële dataset. Hierbij wordt gepeild naar zowel de theoretische kennis van de student(e), als naar de praktische toepassing ervan. |
|
|
|
|
|
|
|
| Verplicht studiemateriaal |
| |
Reader met een bundeling van artikels en relevante hoofdstukken uit verschillende boeken en met de verschillende opdrachten voor de werkzittingen. |
|
|
|
|
|
1 examenregeling art.1.3, lid 4. |
| 2 examenregeling art.4.7, lid 2. |
3 examenregeling art.2.2, lid 3.
|
| Legende |
| SBU : studiebelastingsuren | SP : studiepunten | N : Nederlands | E : Engels |
|